Игра идет по второму сезону Наруто (Shippuuden).
Сюжет:
Страна Огня: Не успев оправиться от последнего нападения Орочимару, Страна тут же оказалась втянута в новый конфликт, который вскоре перерос в колоссальную, по своему размаху, войну. Самые большие удары приходились на долю деревни скрытого Листа. Лидер деревни - Хокаге Цунаде, попросила помощи у дружественной им деревни Песка, которые вскоре так же оказались втянуты в эту войну, а потому приняли предложение. Команда Какаши вместе с командой Гая были отправлены в деревню скрытой Скалы, чтобы оказать им помощь, против надвигающийся на них большого отряда вражеских Шиноби. Остальные команды остались в деревне, сражаться с нападающей на них армией Страны Грома. Так же в деревне находится третий из легендарных Саннинов - Джирайа, который готовится к решающим действиям против Орочимару и Пейна.
Страна Ветра: Увидев в каком положении оказалась страна Огня, предводители Страны Ветра решают вмешаться в конфликт и оказать помощь своим союзникам. Предводитель деревни Песка - Казекаге Гаара вводит военное положение и направляет в деревню Скрытого Листа небольшой отряд Шиноби под командованием Темари. Канкуро остался в своей деревне, дабы командовать оставшимися войсками и сдерживать атаки врага.
Страна Риса: Орочимару, находившийся в деревне Звука, затаив давнюю злобу и обиду на Коноху, решает развязать колоссальную и эпическую войну между Странами, с целью раз и навсегда уничтожить Страну Огня, а в случае необходимости и их союзников. Осуществив лишь наполовину свой план (Война началась), легендарный Саннин узнает о том, что организация Акацки хочет нарушить его планы, а потому Орочимару вместе со своим приспешником Кабуто, решает на время скрыться в других странах, приняв облик странника и продолжая командовать своей армией из тени. Оставшись без наставника, Саске берет в свои руки власть над Ото и рассылает шпионов по всему миру, с целью найти своего брата - Итачи. В этом ему помогает четверка звука, а также его новая команда: Карин, Суйгецу и Джиго.
Страна Воды: Эта Страна решила нажиться на кровопролитных войнах соседей, а потому именно она стала главным союзником Страны Риса. Деревня Тумана: именно здесь набираются лучшие шпионы и безжалостные убийцы. Предводителем этих убийц стал Забуза. Вместе со своим подчиненным Хаку, он убирает всех неугодных Орочимару людей, хоть сам и не подчиняется на прямую легендарному Саннину.
Страна Грома: Здесь происходит набор Шиноби в армию Орочимару. У этой страны величайшая оборона в мире, как наступательного так и защитного характера. Деревня скрытого Облака: именно здесь в последний раз видели Двуххвостого и Семихвостого Джинчуурики.
Страна Земли: Отказавшись вначале от вступления в войну, эта Страна подверглась жестоким нападениям со стороны армии Страны Риса и была почти полностью разрушена. Лидеру страны пришлось подписать унизительный договор, в котором он выступал на стороне Орочимару. Деревня скрытой Скалы: это единственная деревня, которая тайно стала помощником скрытого Листа. Именно здесь в последний раз видели Четыреххвостого и Шестихвостого Джинчуурики.
Страна Травы: Занимается поставками провизии в страны, находящиеся под руководством Орочимару. Деревня скрытой Травы: В этой деревне в последний раз видели Треххвостого и Пятихвостого Джинчуурики.
Страна Дождя: Нейтральная страна. Именно здесь в данный момент находятся Лидер Акацки - Пейн и его напарница - Конан. В эту деревню невозможно попасть, если вы не являетесь ее гражданином или членом организации Акацки. Именно здесь в последний раз видели Восьмихвостого Джинчуурики.
Акацки: Пейн, ненавидящий войны больше всего на свете, ставит перед организацией Акацки новые цели. Теперь преступникам предстоит не только захват Джинчуурики, но и для пресечения войны - убить лидеров деревень, участвующих в баталии между странами. Лидер Акацки, делит организацию на две команды, одной из которых: Хидан, Какузу - предстоит отправиться в страны затеявшим войну (Страны: Риса, Воды, Грома, Земли, Травы ); а другой группе: Сасори, Дейдара, Зецу - вторгнуться в страны оказывающие сопротивление другой стороне (Страны: Огня и Ветра). В помощь первой команде (вызвав этим недовольство Хидана и Какузу), Пейн направил новоиспеченного члена организации - Тоби, которому предстоит доказать свою преданность. Двум другим компаньенам: Итачи и Кисаме, поручено убить Орочимару, развязавшего эту войну. Однако местонахождение легендарного Саннина на данный момент организации не известно. Конан, все также верно находится возле Пейна и оказывает ему всяческое содействие.
